中國的自然保護區的建設工作從一開始就被視為是搶救性的，而非從容不迫的。
1956年9月，第一屆全國人大第三次會議召開，5位著名生物學家聯名提議：急應在各省(區)劃定若干自然保護區(禁伐區)，為國家保存自然景觀，也為科學研究提供據點。
這個編號為"92"的提案，對遏制建設時期急劇破壞的生態環境具有重要意義。當年，廣東鼎湖山自然保護區建立，拉開了保護自然資源、搶救珍稀動植物的序幕。到1965年，南到西雙版納，北至長白山在內的19處保護區被劃定。
自然保護區在1990年代進入了快速發展時期。
國家林業局保護司自然保護區管理處處長李忠提供給記者的數據是：截至2003年底，全國各類自然保護區1999 處，國家級的226處，保護區面積逾1.
保護區數量較40年前翻了100倍，面積更飆升215倍，自然保護區面積與國土面積的比例已經超過了世界平均水平，可謂成績喜人。
中國自然保護區的保護工作已經開始真正地走向其題中之義：從追求自然保護區的規模數量，轉而追求質量內涵。
而以此為衡量標準，中國保護區的保護還有不盡如人意之處。
國家林業局保護司自然保護區管理處處長李忠告訴記者，在目前各類型的自然保護區內，無論是草原、森林、海洋，都存在著被破壞的情況，這是無法回避的事實。其中，又以人類活動最頻繁的濕地保護區破壞最為嚴重。
那么，誰在傷害自然保護區？
一位接受本報采訪的專家將之總結為兩類人："窮人"和"富人"。"窮人"，可能是當地政府，也可能是當地居民。對于貧窮的農民們來說，青山綠水當不得饃吃，任何過上好日子的機會都是難以拒絕的誘惑。在甘家湖梭梭林自然保護區，農民們盜采藥材，不放過每一株，把保護區挖得千瘡百孔。嚴格說來，貧窮，而非貧窮者，才是自然保護區的敵人。"富人"往往是外來的財團或者公司。他們對保護區的侵占往往一占就是50年、70年。他們往往以利益最大化為目的，試圖進行掠奪性的開發。
"各種自然保護區的建立，很大程度上保護了自然資源和生態環境。為什么還會有不足？原因是多方面的，離不開我國的現實發展情況。"李忠說。
歷史遺留問題是一個因素。特定歷史時期的特定政策，給日后的資源保護帶來諸多難題。在國家林業局搞自然保護十多年的李忠，曾兩次處理盤錦濱海濕地遭到油田開采破壞的報告。"盤錦雙臺子河口保護區是八十年代中期才建立的，而遼河油田早在六七十年代就已經在那里開采，誰該給誰讓路？而且，我國又是石油相當匱乏的國家，你說該怎么辦？"
歷史造成的還有土地權屬問題。中國的自然保護區，在1978年時全國僅有34個，絕大部分建立于1980年代之后。劃建保護區時，那里的土地大多已劃歸集體，邊界問題和土地權屬成為保護區管理部門與當地政府最常見的糾紛。
盤錦雙臺子河口自然保護區160萬畝濕地被圍墾和改造，管理處卻束手無策，最根本的原因就在于那些土地屬于大洼縣的各個鄉政府。保護區管理處副處長李玉祥表示，土地怎么用由鄉政府決定，保護區管理部門只能進行"指導和勸說"。
扎龍國家級自然保護區也是一個典型例子。1984年黑龍江省政府有關文件確定其面積為21萬公頃，但未標明具體的范圍和邊界走向。保護區管理局擁有土地管理權的區域只有
自然保護區有多少婆家？李忠笑言，這是一個"非常有意思和有中國特色"的問題。李忠介紹，中國的自然保護區分森林、濕地、荒漠、野生動物、野生植物、草原、海洋、自然遺跡、古生物遺跡等9 大類型，前5種屬林業部門主管，數量最多，達1538處，國家級的164處，后4種類型中，草原歸屬農業部，海洋屬于國家海洋局，而自然遺跡、古生物遺跡的行政管理權則屬于地礦部門。四大行政管理部門之外，又由國家環保總局進行綜合協調。
各個行政部門根據各自的法律法規來劃定保護區，常常會出現交叉、"撞車"現象。一種類型的自然保護區，有可能林業也在管，環保也要建。由于環保局只是綜合職能部門，沒有專門的行政執法隊伍，很難承擔起保護區的執法管理任務。
保護區管理體制的另一大難題，就是業務指導與實際管理權的分離。一個自然保護區產生的流程是：由地方行政主管部門提出可行性報告，交由當地環保局審查，若是地方級自然保護區，則由當地政府審批；若是國家級自然保護區，就報中央政府審批。批準后，保護區的人員組成、工資待遇、經費開支等，全由地方政府承擔，國家林業局、農業部等中央行政主管部門，只對保護區進行業務指導。一邊是業務主管，一邊是衣食父母，當地方利益與生態保護發生矛盾時，保護區的管理者該怎么辦？李忠坦言，這種情況近年來比較普遍。
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